lolnoob, ты не поверишь! ...Наруто! Х)
Но если серьезно, то вот парочка:
Rappi Rangai / Раппи рангай
Nabari no Ou / Владыка скрытого мира
А вообще, очень мало манг где Главные действующие лица это ниндзя, обычно они идут как второстепенные враги или будущие друзья ГГ, которые будут появляться время от времени.