[Lumos]

Опять таки, если они так легко меняют форму, то зачем фигурирует описание в виде "головастика" в самом начале?

Наиболее оптимальная форма для перемещения в той среде, полагаю) Конечно, допущения на то и допущения, любой даже самый научно-обоснованный фантэлемент, пользующийся реальными фактами и "белыми пятнами" на карте научных знаний о мире, можно в той или иной мере оспорить, подвергнуть сомнениям. Мы даже склонны к этому. Но в данном случае вроде бы всё в меру реалистично, надеюсь.

Меня все таки терзают дикие сомнения касательно закона сохранения энергии в отношении ваших "Алис"

Тут немного реального волшебства: энергия могла черпаться из вакуума (квантовые флуктуации вакуума (или пустого пространства, можете так и прогуглить)), не противоречит науке, в тексте об этом говорит Риган, есть много статей на тему, в т.ч. хорошая документалка, точное название не помню, "Существует ли пустота?", как-то так). Конечно, допущение, но пока, мне кажется, его невозможно опровернуть, поскольку учёные как раз и пытаются научиться её добывать.

почему вирус не передался через автоматические бурильные зонды, которые прилетали до экипажа? Ведь они посылали сигнал на Землю в виде картинки (подлёдного моря) или телеметрических данных? Что мешало "Бобу" хакнуть их уже тогда и взятся за другую планету? Хотя мне до сих пор не очень понятно как "железо" может взламывать "мясо", "харды"-то разные.

Вирус - в первую очередь биологический, он традиционно взломал ДНК Кейт, чтобы контролировать её поведение и т.д. (масса земных вирусов и паразитов способна на это, например, кошачья токсоплазма, рмяу! )... Но из-за кибернетического полушария Кейт, связанного с естественным (искусственные нейроны связаны с настоящими), вирус обнаружил там ещё одно сознание (Еву), которое к тому же можно было контролировать от лица Кейт, и тем самым научился захватывать машины (не указано, но можно догадаться, что Ева была как-то связана на уровне передачи сигналов с искусственным интеллектом станции и корабля, например, через аналог wifi, гыг). То есть ему повезло первой заразить Кейт и тем самым получить ключ сразу от всех дверей. Но мультиРиган успел отключить машины до передачи сигнала, а остальные роботы на "Европе", как потом указывалось, уже давно вышли из строя.
Это объяснялось по-простому в диалогах.
И вот отсюда вытекали у людей вопросы о масштабе "песца": кого именно заразил вирус - только людей? Только машин? Или всех сразу? Т.е. какой мир реален... К сожалению, масштабы катастрофы герои сначала сильно недооценили.