Ну вообще-то религиозные проблемы - это не отмазка, а неотъемлимая часть сериала. В нем довольно много религиозных аллюзий, рассуждений о природе веры, а всяческие предсказания и вмешательства свыше играют немаловажную роль в сюжете. А ближе к концу вообще такая муть начинается, что сериал уже становится ближе к мистике, нежели к фантастике... И если сперва конфликт людей и сайлонов действительно напоминал Матрицу/Терминатора, то с обретением сайлонами собственной религии он превратился в настоящий религиозный джихад. Что собственно и выделяет Галактику из множества других историй про войнушку людей и роботов.
Вот тут есть небольшая статья про религиозные воззрения сайлонов (осторожно, мега-спойлеры)
http://en.battlestarwiki.org/wiki/Cylon_Religion