Refisul, VirtualDub, если имеешь дело с AVI. Для MPG поможет VirtualDubMod, также есть хорошая Avidemux (список поддерживаемых форматов
тут).
Да, в Дубе не забудь ставить галочку Video->Direct stream copy, чтобы фрагменты выкусывались как есть, без пересжатия