Если всмотрется в детали, название "Республика" вобще-то не совсем коректно. Правильнее сказать "конфедерация".
Скрытый текст - определение:
Конфедера́ция — форма государственного устройства, при которой объединившиеся государства, сохраняя суверенитет полностью и значительную независимость, передают часть своих властных полномочий совместным органам власти для координации некоторых действий. Как правило, это внешняя политика, связь, транспорт, вооружённые силы. В отличие от членства в одной федерации, государство может быть членом нескольких конфедераций одновременно. Судя по историческому опыту, конфедерация создается для достижения определённых общих целей, а затем либо распадается, либо становится федерацией.
Википедия
Вот тогда все встает на свои места. И неимение армии у самой Республики -- у Набу и Дженозиса свои армии точно есть, а вот республиканскую армию во втором эпизоде только приходится создавать. И блокада Набу -- может же флот Великобритании (чисто в теории) блокировать Германию.
Про желание удержать сепаратистов...
А ведь не факт, далеко не факт, что выход из состава Республики обернулся бы войной. Ведь единственное, что предпринял Сенат до избрания Палпатина верховным канцлером, это послал двух джедаев на Набу, и они уже на месте приняли несомненно правильное решение об эвакуации королевы. А вот дальше королева взбесилась и потребовала коллективных действий по изгнанию "агрессора". Сенат совершенно правильно отказал. А что им было делать? Ведь раз регулярные войска находятся в подчинении каждого конкретного субъекта, а резона рисковать жизнями своих граждан (пусть воюют дроиды, но руководят ими люди) ради защиты якобы гибнущего в концлагерях народа(который может и не гибнет, может это просто уловка Падмы) у нормального правителя нет и быть не может. Естественно без комиссии никто войска не отправит. А Падме (которой кстати на момент действия и двадцати нет) персонализирует в лице старого канцлера совершенно естественную волокиту и делает его козлом отпущения. Даже после снятия блокады и разгрома войск сепаратистов, которые тогда еще просто Торговая Федерация
никаких агресивных действий со стороны властей нет. Все, что делает канцлер, это поздравляет Амидалу с победой. Проходит десять лет прежде, чем Республика предпринимает первый шаг к военной развязке конфликта в лице все той же Падме, которая предлагает создать всереспубликанскую армию в противовес "сепаратизму". Дальше власти в лице канцлера Палпатина, кстати бывшего сенатора от Набу, засылают шпиона на Дженозис. И туда по собственной воле летит Падме. Причина как бы понятна -- спасти Оби Вана -- но что-то слабо верится, что политик с более чем десятилетним стажем поддалась порыву чувств. Ее конечно же ловят и приговаривают к казни за шпионаж. И только после этого начинаются собственно боевые действия. Таким образом война клонов начинается не из за попытки субъекта покинуть конфедерацию Галактической Республики, а из-за желания Набу отомстить Федерации за вторжение.