Спасибо, уважаемый убийца драконов! Вопросы правильные и действительно требуют ответов в тексте. Вот они - ответы:
- Я так не понял, люди в том мире стали СОВСЕМ ОВОЩАМИ (неспособными жить без компьютера) или еще не совсем? :)
Если пока не "овощи", то почему они настолько тупят, что не узнают живого знакомого человека?
А если совсем "овощи", то почему тогда ГГ не овощ? После отключения от Сети он по идее должен был бы тупить еще сильнее остальных 
Кукловоды как раз и выбирают по каким-то своим критериям наименее овощных. Вот он любил бумажные книги, ходил сам по магазинам - в общем, выделялся из овощной толпы. А его друг как раз овощ среди овощей, он 100% времени проводит с компьютерами, и видит в реале героя очень редко.
- Совсем осталось неясно: ЧТО есть "идентификатор" и ГДЕ он располагается (в человеке? во компьютере? в Сети?) и с чем его едят? :)
Отвечал выше. Мне казалось, что для раскрытия сюжета и основных идей это совершенно не важно. Пусть будет чип, который вшивают в голову при рождении.
- Что есть Великая Сеть? Это типа продолжаение нашего интернета или чтото совершенно новое?
Тоже отвечал. Это не просто интернет, а вся система обслуживания и слежения. Все домашние советчики-няньки и пр., объединённые в единую сеть.
- Почему в Сети нет нормальных админов, которые должны как раз исправлять подобные сбои? Или "кукловоды" - это и есть админы? :)
Да, кукловоды и есть админы.
- Кто пытатеся арестовать и стреляет в ГГ в конце? (если полиция без оружия и не знает его имени)
Спецслужбы. Суперполиция, которая появляется только в экстренных случаях и уполномочена стрелять.
- Зачем искать ГГ по фотографии, если в будущем должны быть развиты ДНК-тесты, сканирование отпечатков пальцев, радужки глаза и т.п.?
Это принципиально не влияет на сюжет. Внешность-то он не менял. Суть в том, что теперь его ищут не только по идентификатору.
- Люди, которые могут подделывать идентификаторы, действительно существуют? Или это просто досужие фантазии бомжа?
И это для сюжета не важно. Думаю, кукловоды-админы могут. Но вообще, бомж о них не знает, это его фантазии.
- "Кукловоды" - они бунтари против существующей Системы? Или они как раз "сердце" Системы? :)
Да, они админы, сердце.
- Почему контейнеры на свалке напоминают скорее авторматы для выдачи еды, чем баки для отходов? Нет, ну правда: окошечко - и вперед! )))
Если контейнеры делались для мусора, и чтобы их нагружали разгружали роботы или автоматизированные мусорные машины, мне кажется, их устройство должно быть совершенно иным :)
А то такое впечталение, что их специально для удобства бомжей создавали)))
Почему бы не для удобства бомжей? Сытое общество должно заботиться обо всех слоях населения. Даже о тех, кто принципиально не хочет работать, учиться и жить как все.
- Широкополая шляпа и очки - это было очень смешно)))
Ума не приложу, что я имел ввиду.
- Если ГГ собрал тестер, который мог вмешиваться в работу Сети, то зачем ему тогда та коробочка-глушилка, которую ему вначале бомж подарил?
По идее тестер должен был бы работать более глубоко и тонко, а коробочка уже не нужна.
Во многих случаях проще просто всё заполнить физическими помехами, чем разбираться и перенастраивать сеть.
- Как-то мало верится что ГГ смог запросто убежать от десятка вооруженнных людей. Из него бы за секунду решето сделали.
Думаю, у них не было приказа стрелять на поражение.
- Зачем прятать кукловодов в дремучих лесах, если они и так повелевают Сетью? Их бы и в городе никто не заметил, если они к общей Системе не подключены :)
Герой же тоже был в городе "как бы невидимкой" в течение месяцев! Вот и они так же!
И каждый день, каждый час подчищать за собой следы? Герой-то не слишком долго продержался в роли невидимки.
- Люди в белых одеждах - повеселило )))
Сам в шоке.
- А зачем он искал кукловодов, если по терии бомжа, он должен был бы их скорее бояться? Или он хотел получить от них "ответы на все вопросы"? :)
Именно что хотел получить. И это тоже было одним из критериев его отбора.
Сам знаю, что надо было в тексте давать ответы на всё, а не в комментариях. Если пройду дальше - непременно дам.