Хмм... Вполне возможно, что глючит уже сама система.
Собственно, можно запустить эту же утилиту, загрузившись с установочного диска Windows. А еще лучше воспользоваться сторонними утилитами, например Norton Disk Doctor'ом (скачать можно
отсюда, весит 1,4 Мб).