В 1993 году Серж Танкян и Дарон Малакян основали группу Soil, в которую пригласили Доминго Лареньо и Дэйва Хакопяна. Группа вскоре распаась, и в 1995 году Танкян и Малакян образовали System of a Down, в который пригласили Шаво Одаджяна и Энди Хачатуряна, хорошо знакомых обоим музыкантам. Сначала Одаджян должен был стать менеджером коллектива, но в итоге стал играть на бас-гитаре.
В середине 1997 года из-за травмы руки группу покидает Хачатурян (впоследствии он станет одним из основателей The Apex Theory), и ему на смену приходит Джон Долмаян.
В 1997 году музыканты заключили контракт на выпуск альбома с известным музыкальным продюсером Риком Рубином и приступили к записи своего дебютного диска. Одноимённый альбом вышел 30 июня 1998 года и разошелся за пять лет почти миллионным тиражом. Синглы "Spiders" и "Sugar" пользовались успехом на радио, а клипы на них регулярно показывались каналом MTV. В 1998 году эти песни заняли 25-е и 28-е место соответственно в хит-параде Hot Mainstream Rock Tracks. Альбом "System of a Down" представлялся на концертах Slayer и Metallica, где System of a Down выступали в качестве "разогрева", а также на фестивале Ozzfest.
На 3 сентября 2001 года был запланирован бесплатный концерт в Голливуде по случаю выпуска нового альбома "Toxicity". Выступление группы должно было пройти на стоянке, рассчитанной на 3500 человек, однако, по оценкам, на концерт явилось порядка 7-10 тысяч зрителей. В целях безопасности выступление System of a Down без каких-либо объявлений было отменено незадолго до выхода музыкантов на сцену. Пришедшие зрители ждали начала концерта больше часа, после чего начали дебош: они стали уничтожать концертное оборудование, бросать камни в полицейских, разбивать окна. Беспорядки продолжались почти шесть часов, в течение которых шестеро фанатов коллектива были арестованы.
На следующий день состоялся официальный релиз второго альбома. По своему стилю "Toxicity" мало отличался от дебютной пластинки. Этот альбом получил статус мультиплатинового, и, во многом благодаря ему, System of a Down стали известными на весь мир. Альбом дебютировал на первой строчке чартов США и Канады, а по всему миру было продано более 6 миллионов экземпляров диска. Авторитетные американские издания благосклонно отозвались об альбоме.
Записанные в процессе создания альбома, но не попавшие на пластинку песни с плохим качеством записи были украдены и выложены в Интернет, в связи с чем группа в сжатые сроки записала и издала новый диск, который они назвали "Steal This Album" ("Укради этот альбом"), состоявший из качественных версий украденных песен и нескольких новых треков. Этот альбом был выпущен в свет 26 ноября 2002 года.
В период с 2004 по 2005 год System of a Down почти не давали концертов, чтобы посвятить себя созданию новых композиций. За это время группа записала 23 новые песни, которые издала на двух альбомах, образующих единое целое как в музыкальном плане, так и в плане содержания. Альбомы были выпущены с разницей всего в полгода. Первая пластинка - "Mezmerize" - вышла 17 мая, а вторая - "Hypnotize" - 22 ноября 2005 года. По словам музыкантов, они разделили эти альбомы, чтобы дать слушателям время ознакомиться с первой частью их песен перед выпуском второй половины.
"Mezmerize" дебютировал на первом месте в чартах Соединённых Штатов, Канады и Австралии. Оба альбома стали платиновыми и поднялись на первое место в списках Биллборда в течение одного календарного года.
В том же году группа получила награду MTV Europe Music Award за лучший альтернативный проект, а в 2006 году System of a Down удостоились премии Grammy за лучшее хард-рок выступление (за песню "B.Y.O.B.").
В мае 2006 года группа объявила о перерыве в творчестве. Шаво Одаджян в интервью журналу "Guitar" сказал, что отпуск продлится не менее трёх лет. В интервью с Крисом Хариссом (MTV News) Дарон Малакян говорил, что группа не распадается, потому что если бы это было действительно так, то концерта на Ozzfest в 2006-м году не было бы.
В 2007 году музыканты приняли участие в создании фильма Карлы Гарапедян "Кричащие" ("Screamers"), рассказывающего о геноциде армян. В том же году Серж Танкян выпустил свой первый сольный альбом "Elect The Dead", удостоенный четвертого места на Billboard. Дарон Малакян и Джон Долмаян создали собственную группу Scars on Broadway, а Шаво Одаджян вместе с "Wu-Tang Clan" основали хип-хоп проект "Achozen". 31 октября 2009 года Шаво организовал бесплатный концерт "Shavo’s Halloween party" в клубе The Roxy, где выступил на одной сцене с двумя другими участниками System Of A Down - Дароном и Джоном. Были исполнены три песни, среди которых были "Suite-Pee" с первого альбома группы и "They Say" с одноимённого альбома Scars On Broadway. После этого выступления в Интернете распространился слух, что System of a Down возвращаются к совместной деятельности.
В начале января 2010 года Шаво Одаджян написал в своем микроблоге: "Парни, готовы ли вы к System???" ("Are u guys ready for System???"). Это могло означать возвращение, но позже, когда шумиха в блогах добралась до СМИ, Одаджян обновил свое сообщение на Twitter, заявив, что воссоединение пока не входит в планы группы, и извинился. Серж Танкян также быстро опроверг этот слух.
29 ноября 2010 года, после пятилетнего отпуска, группа объявила о своём воссоединении. На официальном сайте коллектива было опубликовано сообщение: "Мы хотим поблагодарить вас за вашу поддержку, не только System of a Down, но и всех наших сольных проектовусилийчто мы хотим играть снова вместе как группа, для вас ("We want to thank you for your support, not only to System Of A Down, but to all of our solo efforts as well. We have no master plan of sorts — we are playing these shows simply because we want to play together again as a band and for you"). Вскоре стало известно, что группа собирается начать европейский тур в 2011 году, в ходе которого выступит на крупных рок-фестивалях, таких как "Rock am Ring", "Greenfield", "Download", "Novarock" и "Metaltown". Помимо этого, в планах у System of a Down концерты в Италии, Германии, Франции, Швейцарии, Великобритании, Австрии, Швеции и Финляндии.

Текущий состав:
Daron Malakian - гитара, вокал.
Serj Tankian - вокал, клавишные.
Shavo Odadjian - бас-гитара.
John Dolmayan - ударные.

Бывшие участники:
Andy Khachaturian - ударные.

Студийные альбомы:
1998 - "System of a Down".
2001 - "Toxicity".
2002 - "Steal This Album!".
2005 - "Mezmerize".
2005 - "Hypnotize".

Синглы:
1998 - "Sugar".
1999 - "Spiders".
2001 - "Chop Suey!".
2002 - "Toxicity".
2002 - "Aerials".
2002 - "Innervision".
2005 - "B.Y.O.B.".
2005 - "Question!".
2005 - "Hypnotize".
2006 - "Lonely Day".
2006 - "Kill Rock 'n Roll".

Первый альбом в рамках сольного проекта вышел вскоре после начала перерыва System Of A Down под названием "Elect The Dead". Альбом состоял как из старых песен, по тем или иным причинам не вошедших в репертуар System Of A Down, так и совершенно нового материала. Диск вышел 23 октября 2007 года. Тур в поддержку альбома начался 12 октября 2007 года в Чикаго.
В 2008 году Серж Танкян принимал участие в записи альбома "Profanation" группы Билла Ласвелла Praxis.
9 марта 2010 года Серж выпускает концертный альбом с участием симфонического оркестра - "Elect The Dead Symphony". 21 сентября 2010 вышел его новый альбом - "Imperfect Harmonies".
В начале 2001 года вышел EP "Imperfect Remixes".

Последний состав:
Serj Tankian - вокал
Mario Pagliarulo - бас-гитара, вокал.
Erwin Khachikian - клавишные, вокал.
Troy Zeigler - ударные, вокал.
Dan Monti - гитара, вокал.
Jeff Mallow - гитара, вокал.

Бывшие участники:
Larry "Ler" LaLonde - гитара, вокал.

Студийные альбомы:
2007 - "Elect the Dead".
2010 - "Imperfect Harmonies".

Концертные альбомы:
2010 - "Elect the Dead Symphony".

EP:
2008 - "Lie Lie Live".
2011 - "Imperfect Remixes".

Синглы:
2007 - "The Unthinking Majority".
2007 - "Empty Walls".
2007 - "Lie Lie Lie".
2008 - "Sky Is Over".
2008 - "Honking Antelope".
2008 - "Fears".
2010 - "The Charade".
2010 - "Borders Are".
2010 - "Left of Center".

Видео-альбомы:
2010 - "Elect the Dead Symphony".

Одноименный дебютный альбом группы вышел 29 июля 2008 года. После его выхода группа дала в тур по Европе в его поддержку.
24 февраля 2009 Доминик Цифарелии, басист группы, объявил в интервью, что группа распалась. Проходивший в это время тур отменили полностью. Однако, группа дала концерты в Кувейте (без Дарона) в августе 2009 года. А в сентябре Френки Перез написал в своем блоге: 13/09/2009: «Going into the studio with Malakian tomorrow!» 16/09/2009: «The track turned out amazing. Daron and I had a great time in the studio.».
13 апреля 2010 года группа сообщила, что даст живое выступление 2 мая. На концерте была представлена новая песня "Talkin' Shit". Басист System of a Down Шаво Одаджян присутствовал на концерте и исполнил вместе с группой две песни ("Cute Machines" и "They Say").
29 июля 2010 года на сайте armageddoncomealive.com стала доступна для бесплатного скачивания новая песня группы "Fucking".
20 августа 2010 года коллектив собрался снова, чтобы дать концерт в Лос-Анжелесе, в клубе "Avalon". Scars On Broadway представили публике несколько измененную песню "Talkin' Shit". На концерте, как и в мае, присутствовал Шаво Одаджян, сыгравший партию на гитаре. Была сыграна кавер-версия песни группы Skinny Puppy "Assimilate".

Текущий состав:
Daron Malakian - вокал, гитара.
John Dolmayan - ударные, перкуссия.
Franky Perez - гитара, вокал.
Danny Shamoun - клавишные, перкуссия.
Dominic Cifarelli - бас-гитара.

Бывшие участники:
Casey Chaos - вокал.
Zach Hill - ударные, перкуссия.
Greg Kelso - гитара.

Студийные альбомы:
2008 - "Scars on Broadway".

Синглы:
2008 - "They Say".
2008 - "World Long Gone".
2010 - "Fucking".

Демо:
2003 - "Ghetto Blaster Rehearsals".