насколько я помню, когда наш герой оседлал краснокрылого и триумфально приземлился у Древа Душ, нави пели грустные песни под гитару, уповая на защиту рекомого Древа. Так бы и дождались бомб себе на голову.

Toraton, на планете ведь множество племён, к которым летали за помощью наши герои. Неужели Древо Душ есть лишь у одного?
Т.к. фильм не снимал и 14 лет идеи не вынашивал, буду предполагать.
Дерево это священно для конкретно этого племени. Его уничтожение может погубить (как минимум в том виде, в котором оно существовало до того) только это племя.
Дерево как связь с предками, как связь друг с другом и миром.
Перейдем опять к сравнениям: вскрыть человеку череп, вынуть мозг, что получиться? тело вроде не тронуто, нервы на месте, однако труп!
На ум пришёл ещё один знакомый сюжет. Может смотрел мультфиль "Атлантида: Затерянный мир". Там вояки, ведомые одним пареньком, нашли затерянную цивилизацию и айда хватать самое ценное - офигенно огромный кристалл - средоточие жизненной энергии всего народа. Без него оставшимся было бы не выжить. Тут сходная ситуация.
На`ви может быть и выжили физически, но духовно получили бы чудовищный урон. Это как у истинно верующего человека отнять его веру. Если бы такое было технически возможно, представь что бы с ним было. + В нашем случае есть определённая физическая связь через местные "USB" порты в волосах. - Двойной удар.
Для меня это было очевидно после сцены, где Цахик - жрица клана, во время уничтожения "дерева" освободила Джейка со словами: "Если ты один из нас, помоги!".

Сколько банков ограблено до меня, сколько банков ещё ограбят. Почему бы и мне не попробовать?=)
Всего лишь то, что это было, есть и будет. Сюжетов, как говориться, немного. Просто кто-то умеет готовить, а кто-то пользуется микроволновкой и полуфабрикатами.

Дело в другом: что бы стало с этим племенем без помощи аутсайдера.
То, что было бы в любом случае, если бы не пришли другие кланы и не приди помощь от самой земли. Их бы прогнали. Даже добивать бы не стали.
Дерево с его обитателями решили уничтожить после того, как На`ви решили объединиться, чтобы противостоять людям.

Сдувшийся шарик идеалов, сломанная игла Кащея Бессмертного?
И что тут такого или уже и сказка о Кащее не по нраву?

Получается, их связь с богиней так слаба, что её можно уничтожить ракетами?
Наоборот, она так сильна, что уничтожение богини приводит к уничтожению её детей. Мы вот у себя на Земле сколько лесов не вырубаем, сколько недры не разрабатываем, а нам всё как с гуся вода - побоку. А для На`ви всё иначе, для них уничтожения древа - катастрофа.

Какая ирония: умозрительные, беспочвенные и не всегда честные земные религии гораздо более живучи, чем искренняя вера нави, доказательства которой встречаются на каждом шагу во вполне реальных воплощениях.
Ага до религии добрались!
Дело в том, что религии живут, но всё ли с ними так благополучно? Взять хоть Россию. То, что у нас в стране храмов больше год от году, не говорит о том, что с каждым годом мы становимся всё духовнее и духовнее. Всё лучше и светлее. Так ли?