Одну забрал шинигами.

Тетрадь Мисы, кажется, уничтожили после смерти Эля. Тетрадь Рэм, вроде, была у Лайта с Мисой. Или хранилась в небоскребе, что построил Эль. Плохо помню, а мангу перечитывать не хочется. Фигурировало же четыре тетради.
Первая, что дал Рюук Лайту.
Вторую Рэм дала Мисе.
Третья осталась от Рэм.
Четвертая была потеряна шинигами и он ее потом забрал.

Да, четыре, но не так...
Первая - принадлежавшая левому шинигами, которую стащил Рюук и выкинул в наш мир к Лайту в ручонки.
Вторая - что досталась Мисе от Джелоуса
Третья - что досталась Лайту после смерти Рэм
Четвертая - что все время оставалась у Рюука, и которой он прихлопнул Лайта

В обороте было три тетради. Первую забрали. Либо второй, либо третьуй, вершили справедливость во второй половине сериала. А вот что с другой...

А ты точно уверен в том, что одну тетрадь они уничтожили??

И мне почему-то кажется, что после того, как органы правопорядка вернулю пропавшую тетрадь тому несчастному Шинигами, у них в полиции осталась еще одна.

Да, первую забрали, вспомнил. А что с остальными... Меня, кстати, тоже волновал этот вопрос. Ту, что стащил Нир, сожгли, вроде. Это должно говорится в последней главе манги. А судьба еще одной... Не помню.
Давай с начала. Есть две тетради у Лайта и Мисы. Потом идет передача одной из них члену правления Йотсубы. Развязка этой арки, одна тетрадь у Эля, одна спрятана. У Эля, вроде, тетрадь Мисы. Рэм его убивает, вводится в игру еще одна тетрадь. Имеем одну на руках у детективов (Джелоуса), одну у Лайта (Рэм), одну у Мисы (самая первая). Правильно?
Вторую половину помню не особо.

Первая тетрадь попала к Лайту. Принадлежала Сиду.
Вторая тетрадь попала к Мисе. Принадлежала Джелоусу.

Третья и Четвертая оставались у Богов Смерти.

Потом, обоих Кир ловят, но перед этим они произвели рокировку. Вторую тетрадь закапывают, а Первую передают одного бизнесмену.

Потом, полиция ловит того хада с тетрадкой. Первая тетрадка оказывается в обороте полиции. Вторая попадает к Мисе. Третья и Четвертая все еще у Богов Смерти.

Потом... грохают Эля. В игру вступает Третья тетрадь (Рэм), которую Лайт прячет и скрывает от полиции. В итоге, у полиции Первая тетрадка, у Лайта с Мисой - Вторая и Третья.

Дальше... происходит налет Мелло. У него получается завладеть тетрадкой... В общем, Первую тетрадь они отдают Богу смерти, который он раньше владел. Ту, которая была у полиции и которую похитил Мелло. Но у полиции осталась еще одна тетрадь. Как еще одна тетрадь попала к полиции, если Лайт их скрывал, я как то не понял. Меня, вроде, этот вопрос больше волновал.

Значит… Вторая тетрадь у Мисы. Третья в полиции (?). Потом, когда преступников ловят, они уничтожают обе тетради.
Вроде так?

А, значит в Йотсубу попала первая. Вторая потом передается Миками, выкрадывается Ниром... тут все ясно. А вот судьба третей и правда странная. Как отец Лайта стал хозяином Тетради? Добрый сын поделился? И как он обосновал, что у него есть еще одна тетрадь?
Пересматривать надо, а вторую половину как раз и не хочу.

Вот, как он обосновал, нам не показали.
*На периферии памяти всплывает что-то вроде... ээээ... что-то вроде бескорыстной помощи Киры, который пожертвовал одну тетрадку полиции.*
Такое могло быть, или глюки разыгрались?

Если и было, то я пропустил - подобное свидетельствовало бы о том, что Лайт окончательно рехнулся и потерял какую-либо критическую оценку ситуации. И я бы меньше возмущался по поводу его проигрыша.

После того, как Мелло похитит Первую тетрадь, Лайт решил сделать ход конем. С помощью глаз Мисы он выяснил имя владельца Первой тетради, с помощью которого Мелло избавился от людей Нира. Они вписали его имя в Тетрадь, и он выслал им имена своих компаньонов. Потом, они вписали их имена в Тетрадь. Лайт отказывается от Третей тетради, чтобы избавиться от идентификатора владельца, и приклеивает к телу Вторую тетрадь, чтобы ничего не забыть. Третью тетрадь, хранителем которой является Рюк, он посылает в полицию. Да, да... Миса, используя генерируемый голос, связывается по телефону с мистером Ягами, и пока Лайт находится в штабе, рассказывает свой план. Свои действия Кира не мотивировал, а просто предложил воспользоваться ситуацией. Сказал, что имена членов банды Мелло он уже вписал в Тетрадь и они умрут в определенный срок. И сказал, что в это время на них можно напасть. Выслал им Тетрадь и адрес их местоположения.
Ягами принимает всю ответственность на себя, и становится владельцем Тетради. Он заключает сделку. Собственно... этими действиями Лайт смог отвести от себя подозрения, ведь у него над головой высвечивались циферки.
Хм... Первую тетрадь они отдают Сидо. Третья остается у них.

Все, я свои пробелы восполнил :))