Без всяких сомнений, Bones (большущее им спасибо за "Wolf’s Rain", "RahXephon", "FMA", "DTB"). И еще немного Sunrise (за "Cowboy Bebop" и частично за "Code Geass") .

Я не знаток анимэ и чаще всего мне попадались именно работы студии Ghibli.
За нее и голосую.
Хотя, "Паприка", работы студии Madhouse мне тоже очень понравилась )

Для меня лучшие - KyoAni за их великолепные МХС и "Лаки Стар", ну и Gainax, создатели самых мозговыносящих сериалов (хотя, каюсь, всей прелести Евангелиона я не познал... слишком психологично...). Ну и Ghibli, кстати тоже, но это уже создатели в основном полных метров.

Ghibli и Madhouse.
Хотя бы потому, что их работы я видела )
А сериалы не смотрела ни один, так чтобы до конца.
А если говорить о полнометражных работах, то эти две студии на высоте.

студий любимых много. нету такой одной, которая нравиться очень при очень. но вот аниме этих студий я в основном смотрю:
Toei Animation
Madhouse Studios
Studio Ghibli
BONES
J.C. Staff
GAINAX
CLAMP
Studio DEEN
Production I.G
Studio 4°C
Xebec
Kyoto Animation